PreciDIAB

Dr. Mehdi Derhourhi

Ingénieur de Recherche en Bio-informatique, responsable de la plateforme bio-informatique de l’UMR 1283/8199

Aujourd’hui, le Docteur Mehdi Derhourhi nous parle de son parcours ainsi que de ses projets en bio-informatique et de l’apport de ce domaine dans les projets de recherche

“Pouvez-vous nous expliquer ce qui vous a amené à vous spécialiser dans la bio-informatique et l'intérêt pour vous de combiner cette discipline avec la recherche ?”

Suite à une 1ère année de médecine, j’ai intégré directement une Licence 2 de biochimie, une discipline que j’avais beaucoup appréciée lors de cette année de médecine pour l’aspect réflexion scientifique et son côté science fondamentale. J’ai ensuite poursuivi par un master orienté vers la recherche en biologie – santé.

J’y ai découvert le domaine de la génétique, et en particulier les techniques de séquençage à haut débit. Elles promettaient des avancées majeures dans la compréhension de la biologie à son niveau le plus fondamental, en faisant appel à un haut niveau de technologie. Pour moi, c’était l’avenir, un immense challenge intellectuel, et l’opportunité de faire partie d’une révolution annoncée. J’ai continué dans ce domaine lors de mon stage de fin de master, ce qui m’a amené à intégrer le laboratoire du Professeur Philippe Froguel, déjà très reconnu à l’époque. J’ai poursuivi mon master par une thèse, lors de laquelle je me suis naturellement orienté vers l’informatique et l’analyse de données, sujet avec lequel j’avais des affinités.

A l’issue de ma thèse, une place s’est libérée dans l’équipe bio-informatique du laboratoire et j’ai saisi cette opportunité. Après 3 années, je suis à présent responsable de l’équipe bio-informatique du laboratoire, ce qui me permet d’être impliqué dans la majorité des travaux du laboratoire qui comportent de l’analyse informatique de données de génétique, un domaine en plein développement et devenu incontournable pour les projets de recherche.

“Pouvez-vous nous expliquer en quoi consiste la bio-informatique et sa place dans la recherche aujourd’hui ? ”

La bio-informatique consiste en l’analyse de données biologiques à l’aide d’outils informatiques. Elle s’applique à des domaines très variés, allant par exemple de la modélisation d’espèces disparues en paléontologie à la conception de nouvelles molécules en pharmacologie. Avec le développement technologique des méthodes d’analyse et de mesure, les volumes et la complexité des données générées est devenue telle qu’il est indispensable de s’aider de l’informatique pour les exploiter.

Aujourd’hui, en génétique, pratiquement tous les projets de recherche impliquent l’utilisation de la bio-informatique. Elle intervient lors de toutes les étapes, de la conception du projet à l’analyse finale des résultats. Pour vous donner une idée, lorsqu’un patient voit son génome séquencé, les données obtenues par le séquenceur sont comme un immense puzzle de plusieurs milliards de pièces, qu’il faut d’abord remettre dans le bon ordre avant de pouvoir les exploiter. Résoudre ce puzzle est impossible sans une puissance informatique suffisante. Sans compter que ces données prennent énormément de place, l’équivalent de tout l’espace disponible sur un ordinateur classique pour 1 seul patient !

Dans certains cas, l’analyse des données exige l’intervention de personnels spécialisés, les bio-informaticiens, qui ont des compétences poussées à la fois en informatique et en biologie, et qui collaborent directement avec les chercheurs, en leur permettant d’exploiter au mieux leurs données pour ainsi répondre à leurs questions. C’est un domaine en plein développement qui doit constamment s’adapter aux progrès et changements techniques, et qui est amené à prendre encore plus de place à l’avenir, notamment avec l’avènement de la médecine de précision. Elle promet à chacun un traitement personnalisé, notamment grâce au séquençage de leur génome. Cependant, un des grands challenges à relever sera d’absorber et analyser toutes les données que cela va générer !

“Qu’est-ce que le projet PreciDIAB apporte à votre équipe ?”

Le projet PreciDIAB nous a permis de changer d’échelle dans nos capacités d’analyse. Etant donné que plusieurs milliers de patients doivent voir leur génome séquencé, et que chacun d’entre eux nécessite plusieurs jours de traitement sur un serveur informatique classique, il a fallu adapter nos capacités d’analyse pour absorber le volume de données générées, mais également pour pouvoir les stocker.

Ce projet nous a donc permis d’acquérir de nouvelles solutions d’analyse et de stockage, dont une technologie unique en France utilisant des cartes graphiques, que l’on voit habituellement plutôt dans le domaine de l’intelligence artificielle ou de la modélisation 3D, mais qui commencent à voir leur champ d’application s’élargir. Grâce à cela, dans certains cas, nous avons pu accélérer nos calculs d’un facteur 10 ! Cette nouvelle infrastructure permet à notre laboratoire et au Centre National PreciDIAB de pouvoir se projeter sereinement d’un point de vue informatique pour les années à venir, et de réaliser des projets de recherche à une échelle digne des plus grands centres internationaux.

Ainsi, la masse de données générées par les différentes études cliniques du Centre National permettra à ses chercheurs et cliniciens de répondre à de nombreuses questions cliniques et in fine d’apporter des solutions concrètes pour les patients. A ce titre, je vous invite à découvrir les deux dernières publications portant sur des cas cliniques porteurs de mutation impliquées dans la lithiase rénale et dans une forme particulière de diabète. C’est une fierté pour toute mon équipe de participer à de tels projets qui apportent des réponses aux patients !