PreciDIAB

Plateformes et équipements

LIGAN-PM

Responsable: Dr. Amélie Bonnefond

Le centre génomique EquipEX LIGAN-Médecine Personnalisée, dirigé par le Professeur Philippe FROGUEL et le Docteur Amélie Bonnefond, est principalement dédiée à l’analyse du génome humain et de ses anomalies. Ses séquenceurs à haut débit de dernière génération permettent le séquençage du génome des patients atteints de maladies fréquentes ou rares (responsables de diabète, d’obésité, de maladies cardiovasculaires, de cancer, de maladies rénales).

Les équipes de biologistes moléculaires, d’informaticiens et de bio informaticiens de  LIGAN-PM diagnostiquent des maladies génétiques (dans le cadre de l’accréditation COFRAC ISO 15189) et identifient de nouveaux gènes de maladies fréquentes ou rares. Cette accréditation européenne permet de rendre des diagnostics génétiques en tant que Laboratoire de Biologie Médicale.

LIGAN-PM offre à la recherche médicale les méthodologies et protocoles les plus performants pour l’analyse génomique et multiomique des maladies humaines.
La plateforme LIGAN-PM a aussi pour objectif de permettre une formation de très haut niveau à différents niveaux de qualification (techniciens, ingénieurs, étudiants en thèse, post-doctorants).

LIGAN-PM joue un rôle moteur dans de nombreux projets scientifiques dans le cadre de partenariats publics et privés et offre des prestations génomiques de qualité exceptionnelle à coûts réduits.

Site Internet : http://ligan.good.cnrs.fr/presentation/la-plateforme-ligan/

Contact : http://ligan.good.cnrs.fr/informations-pratiques/contact/

Immuno-phénotypage

Responsable: Dr. David Dombrowicz

Un nombre sans cesse croissant d’études illustre le rôle très important joué par les cellules du système immunitaire dans les pathologies cardiométaboliques et leurs complications. De plus, le statut métabolique d’un individu conditionne en partie l’état de son système immunitaire. Dans les deux cas, la caractérisation fine du système immunitaire représente un élément important du diagnostic et de la compréhension des mécanismes physiopathologiques.

C’est pourquoi dans le cadre d’EGID-Labex, nous avons développé une stratégie originale de plateforme d’immunophénotypage métabolique pour des analyses chez l’homme et dans des modèles expérimentaux ou précliniques.

Ce plateau vise à l’analyse parallèle des paramètres métaboliques et des cellules et fonctions immunes. A cette fin, des stratégies d’analyse simultanée par cytométrie de flux d’un grand nombre de marqueurs (jusqu’à 18 paramètres de fluorescence) ont été développées non seulement pour les cellules sanguines mais également pour les tissus adipeux, le foie, le muscle, l’intestin et la peau. En parallèle, nous développons des stratégies d’analyse des cellules endocrines, notamment dans le pancréas.  Des tris cellulaires peuvent également être réalisés afin de purifier les populations cellulaires d’intérêt pour des analyses fonctionnelles et/ou moléculaires.

Le plateau d’immuno-phénotypage est dotée de plusieurs équipements de pointe : un analyseur trieur permettant la purification simultanée de 6 populations cellulaires et un analyseur par cytométrie de masse, une technique en plein développement d’analyser simultanément jusqu’à 42 marqueurs.

Contacts :

David Dombrowicz (Directeur d’équipe) : david.dombrowicz@pasteur-lille.fr

Olivier Molendi-Coste (Responsable technique et ingénieur de recherche) : olivier.molendi-coste@inserm.fr

Laurent Pineau (Ingénieur de recherche) : laurent.pineau@inserm.fr

Métabolomique

Responsable: Dr. Marc Emmanuel Dumas

Le plateau métabolome répond au besoin d’installer une thématique de métagénomique par séquençage shotgun en créant notamment une synergie avec la plateforme LIGAN-PM. Ce plateau technique reposera sur du matériel de pointe (spectromètres de masse dernière génération notamment), la mise en place d’une librairie de standards chimiques purs pour plus d’un millier de métabolites et lipides, et du personnel dédié hautement qualifié.

L’ensemble permettra l’obtention de données scientifiques de grande valeur sur l’ensemble de nos projets. Ces données seront alors analysées grâce à l’implémentation d’un pipeline bioinformatique de traitement de séquences métagénomiques. Ce dernier permettra d’intégrer le métabolome, le métagénome et le génome de l’hôte afin de cartographier et d’exploiter les richesses, encore largement inconnues, de notre pharmacopée intestinale, réservoir de substances naturelles bioactives biosynthétisées par le microbiome au potentiel encore largement inexploré.

ADME-PK

Responsable: Prof. Benoît Deprez

La caractérisation qualitative et quantitative des effets associés à l’administration d’un composé à un animal modèle est la clé de voûte du processus de découverte de médicaments. Cette étape est essentielle pour estimer un futur effet thérapeutique et évaluer le rapport risque-bénéfice d’un candidat médicament. À ce titre, elle constitue une étape nécessaire dans la plupart des projets d’innovation thérapeutique, avant de décider d’engager un candidat pour des essais cliniques. Dans ces expériences menées in vivo, la variabilité de la réponse pharmacodynamique nécessite souvent de grands nombres pour fournir des résultats significatifs.

Dans un contexte légitime des 3R « Replacement, Reduction and Refinement » qui régissent le recours à l’expérimentation animale, il est essentiel de n’utiliser dans ces expériences que des composés dont on aura préalablement prouvé in vitro, qu’ils atteignent leur site d’action à la vitesse et à la concentration requises pour exercer leur effet.

Par conséquent, l’évaluation des paramètres ADME (Absorption, Distribution, Métabolisme et Elimination) est largement utilisée lors des étapes de validation des cibles, de hit-discovery, et d’optimisation du lead. Ces paramètres permettent d’évaluer l’exposition des animaux au composé et de la mettre en relation avec l’importance de l’effet et de l’engagement de la cible.

Notre plateforme permet d’évaluer rapidement ces paramètres et fournit aux chefs de projet les informations pertinentes pour sélectionner les meilleurs composés pour les expériences in vivo et pour mieux interpréter les données in vivo. De plus, ces données ADME permettront d’optimiser la structure principale afin d’obtenir les meilleures performances in vivo possibles.

Savoir-faire et services

https://www.deprezlab.fr/early-formulation-adme-pharmacokinetics

Contacts

Managers scientifiques : Pr. B. Déprez & Dr F. Leroux (florence.leroux@univ-lille.fr)

Manager opérationnel: C. Piveteau (catherine.piveteau@univ-lille.fr)

DiabInnov - Dispositif Médicaux

Responsable: Prof. Robert Caiazzo

DiabInnov est une plateforme de recherche qui aide les entreprises et les laboratoires académiques à rechercher et développer des thérapies innovantes pour le traitement des maladies métaboliques et de leurs comorbidités, afin de faire progresser de manière significative la prise en charge thérapeutique des patients.

Elle est composée d’une équipe multidisciplinaire de recherche translationnelle. Cette équipe est mondialement connu pour ses recherches cliniques et précliniques sur les îlots de Langerhans humains et ainsi que pour ses modèles animaux.

Sa mission est de mettre la recherche fondamentale, préclinique et cliniquesur le métabolisme au service des entreprises de recherche en santé et des universités, afin de mettre en évidence de nouvelles cibles pharmacologiques, de tester de nouveaux composés et d’accélérer les tests de sécurité et d’efficacité des dispositifs médicaux innovants.

Le principal domaine de recherche de DiabInnov est axé sur le métabolisme humain, en se concentrant sur l’isolement des îlots de Langerhans pour la transplantation clinique et la recherche translationnelle, complétée par la recherche fondamentale sur la biologie des cellules des îlots de Langerhans humains.

Notre plateforme de recherche a également pour objectif l’identification et la validation de nouveaux biomarqueurs moléculaires associés à l’obésité et à ses comorbidités, en particulier le diabète de type 2. Ceci est possible grâce à la cohorte unique d’îlots humains provenant de donneurs maigres, obèses et diabétiques et à la biobanque ABOS : une collection de recherche translationnelle de tissus métaboliques (foie, muscle, tissu adipeux viscéral et sous-cutané, intestin) et d’échantillons sanguins (plasma, sérum, ADN) provenant de > 1600 obèses ayant subi une chirurgie bariatrique. La perspective de DiabInnov est de promouvoir le dialogue entre les scientifiques, les chercheurs et les chirurgiens d’une part, et les sociétés pharmaceutiques et les fabricants de dispositifs médicaux innovants d’autre part.

Cette passerelle biomédicale vers l’innovation biotechnologique facilite l’obtention de brevets, l’accélération du marquage CE, la mise en œuvre de nouvelles approches chirurgicales à l’aide d’un savoir-faire d’excellence.

Site internet : https://diabinnov.eu/

Contact : contact@diabinnov.eu