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Notre plateforme LIGAN au coeur du séquençage des variants de la Covid19 dans les HdF

Communiqué de Presse du laboratoire de séquençage génétique médical LIGAN sur la situation des variants de SARS Cov 2 dans le Nord de la France

392 échantillons de personnes retrouvées positives le 5 mars après PCR de dépistage nous ont été transférés gracieusement par le Laboratoire de Biologie Médicale Synlab HdF. Ces prélèvements positifs viennent du Nord, du Pas de Calais à l’exception du Dunkerquois et de la côte. Nous avons été missionnés par la Région des Hauts de France pour séquencer le génome viral dans sa totalité à la recherche de variants connus ou nouveaux. Des séquences génomiques de bonne qualité ont été retrouvées pour 375 échantillons.

Les résultats montrent que par rapport à la dernière opération de séquençage (mi février) la proportion de variants anglais est passé e de 34% à >60% des échantillons. Comme nous l’avions prévu, le variant anglais est désormais largement majoritaire mais n’est toujours pas hégémonique à la différence du Dunkerquois (>90%). Le variant sud africain a régressé (1%). Une personne portait le variant brésilien : compte tenu de sa dangerosité une surveillance attentive devra être faite dans les prochaines semaines.

Ces résultats amènent les commentaires suivants:

1/ le maintien d’ un socle d’environ 40% de la souche chinoise initiale de SARS Cov2 dans le Nord de la France explique probablement l’absence d’explosion à ce jour des cas incidents de covid 19 à la différence du Dunkerquois. Mais tout relâchement de la vigilance conduirait à ce qu’on a connu à Dunkerque en février.

2/ l’expansion continue des échantillons contaminés par le variant anglais est probablement en cause dans la surcharge des services de réanimation du Nord de la France a u fait de sa dangerosité supérieure désormais bien établie (>40% de formes graves). On peut hélas s’attendre à ce que le variant anglais continue à disséminer et donc que les unités hospitalières covid des Hauts de France soient en grande tension à la fin du mois de mars, début avril.

3/à ce stade critique, la vaccination accélérée, en particulier de la population entre 50 et 65 ans non vaccinée à ce jour, serait en mesure de ralentir la surcharge hospitalière dans le mois qui vient. En effet, le variant anglais entraine un rajeunissement des patients en réanimation (schématiquement le risque vital des personnes covid de 65 ans devient celui des 75 ans atteints par la souche originelle). Rappelons la prévalence très élevée d ’obésité et de diabète dans le Nord de la France qui aggrave encore la covid19. Au lieu de 27 000 doses de vaccins supplémentaires ce week-end ce serait 100000 doses qui seraient nécessaires pour espérer bloquer la catastrophe sanitaire qui semble venir. Vacciner, vacciner, vacciner sont selon nous les 3 priorités actuelles dans les Hauts de France

4/ Apprécier la proportion réelle de mutants n’est pas aisé et nécessite non seulement un séquençage total du gén ome (et non une PCR de criblage très approximative) et une analyse très précise et professionnelle des séquences virales. Le logiciel Pangolin utilisé par les services de virologie français surestime probablement la proportion de variants anglais et ne permet pas facilement l’identification de variants émergeants. Nous avons déposé toutes les séquences virale s sur la plateforme européenne EBI pour analyse internationale.

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