L’épidémie de COVID-19 a entraîné à la demande de l’État des dépistages massifs du COVID-19 sur toute la France. Ces actions sont essentielles pour permettre d’identifier les personnes atteintes et mettre en place les mesures d’isolement et de prises en charges nécessaires pour éviter la propagation du virus. Le dépistage du COVID-19 repose sur la réalisation de tests virologiques par RT-qPCR (Réaction Quantitative de Polymérisation en Chaîne après Transcription Inverse) suite à un prélèvement réalisée dans les fosses nasales, essentiellement sur prescription médicale. Depuis le 11 mai, ces tests sont accessibles à toutes les personnes fragiles, présentant des symptômes, ou ayant été en contact avec un malade avéré.

‘Réquisition de notre plateforme pour les tests RT-qPCR ‘

Le 14 avril, suite à un arrêté ministériel du préfet, notre plateforme LIGAN-PM a été réquisitionnée pour participer au dépistage du COVID-19.        
Notre plateforme experte en génétique et biologie moléculaire recourt de manière routinière à ces techniques. En somme, nous disposons du matériel et surtout des personnels compétents pour réaliser ces dépistages.
De surcroit, nous devions tester au mois de Mars pour d’autres recherches le robot Chemagic du groupe Perkin Elmer. Ce robot permet d’extraire les acides nucléiques (dont l’ARN) de 96 échantillons par heure. Le CNRS nous a soutenus financièrement pour finalement acquérir ce robot, ce qui a permis de multiplier notre capacité de dépistage.

‘Collaboration avec le laboratoire Synlab’ 

Face à cette demande de dépistage, le laboratoire Synlab a ouvert un centre de prélèvement Covid-19 en mode «drive», à destination des professionnels de santé et des personnels soignants, sur le campus de l’Institut Pasteur de Lille. Notre équipe s’occupe de réaliser les tests permettant de diagnostiquer les personnes ayant effectué un prélèvement dans le drive COVID-19 ou les EPHAD de la région. Afin de mener à bien cette collaboration, une convention a été mise en place entre notre laboratoire et Synlab pour effectuer les dépistages. Après autorisation, une équipe de 15 ingénieurs et techniciens s’est mobilisée, pour réaliser les tests de dépistage sur les prélèvements envoyés par Synlab.

Le diagnostic du COVID19 s’établit en 3 phases, la phase préanalytique (prélèvement naso-pharyngé et préparation des échantillons), Analytique (réception, extraction de l’ARN et RT-qPCR) ainsi que la phase post-analytique (rendu des résultats au patient). Notre équipe s’est occupée de la phase analytique, qui demande beaucoup de moyens et d’implication. Notre partenaire Synlab s’occupe du prélèvement, de la préparation des échantillons et du rendu des résultats aux patients.

‘Les étapes des tests virologiques par RT-PCR‘     

Depuis notre participation aux dépistages, chaque soir des personnels interviennent au laboratoire pour réceptionner environ 450 prélèvements naso-pharyngés envoyés par Synlab. Chaque prélèvement est réceptionné dans un sachet hermétique fermé et dispose d’un feuillet informatif et d’un code-barre.

La première étape est l’identification des prélèvements. Pour ce faire, nous vérifions que le feuillet correspond au tube, vérification qui s’effectue en zone confinée, sous haute PSM (poste de sécurité microbiologique), avec l’ensemble des équipements de protection individuelle requis : masque FFP2, blouse, surchaussures, double paire de gants. Ce protocole est primordial pour éviter tout risque de contamination, car chaque échantillon est potentiellement porteur du virus. Nous disposons d’un système informatique appelé LIMS (Laboratory Information Management System) pour assurer le suivi de chaque prélèvement de sa réception à l’interprétation du résultat. Le code-barres de chaque est scanné ce qui permet de rentrer l’échantillon dans notre LIMS.

La seconde étape du dépistage est l’inactivation du virus. Pour cela, nous utilisons un réactif qui permet d’inactiver le virus. On appelle cela l’état de lyse. Les échantillons sont ensuite placés dans l’extracteur Chemagic qui va extraire l’ARN des échantillons. Avec une capacité maximum de 96 échantillons par heure, nous sommes capables de traiter 5 séries de 96 échantillons par jour, soit 480 prélèvements naso-pharyngés.

La troisième étape, est nommée la RT-qPCR. Un cycle de transcription inverse (RT : Reverse Transcriptase) permet le passage de l’ARN en ADN avant de réaliser les multiples cycles d’amplification de l’ADN par une réaction de polymérisation en chaîne quantitative ou qPCR (quantitative Polymerase Chain Reaction). Nous utilisons des sondes spécifiques qui ciblent le génome du COVID19. Une détection de l’augmentation de ces sondes au cours de l’amplification signifie alors que le prélèvement est positif.

La dernière étape est d’effectuer l’interprétation des résultats que nous retournons ensuite à Synlab dans un espace sécurisé et cela sous 24 heures.

‘Résultats des tests par RT-qPCR‘’

Afin de diagnostiquer le COVID-19, les tests par RT-qPCR restent les plus fiables aujourd’hui et répondent à une question précise à un temps donné.
Nous avons un taux encore assez élevé de diagnostics positifs puisque nous obtenons en moyenne 10% de cas positifs suite aux tests. Cela démontre que les mesures barrières doivent continuer d’être radicalement respectées pour ainsi continuer à faire diminuer le nombre de cas positifs.

Amélie Bonnefond, Responsable scientifique de la plateforme de génomique LIGAN-PM