PreciDIAB

Dr. Amélie BONNEFOND

Directrice de Recherche à l’Inserm, Responsable scientifique des programmes de médecine génomique des diabètes du Centre, responsable de l’EquipEx LIGAN-PM et cheffe d’équipe au sein de l’UMR 1283/8199
 

Aujourd’hui, le Docteur Amélie BONNEFOND nous parle de ses projets de recherche au sein de PreciDIAB et du rôle central de sa plateforme LIGAN- PM dans le développement de la médecine de précision.

“ Pouvez-vous nous présenter votre parcours et ce qui vous a amené à travailler dans la recherche, tout particulièrement dans le domaine de la génétique ? ”

J’ai fait classe prépa à Grenoble après le bac puis j’ai intégré une école d’agronomie à Montpellier. Après l’effervescence intellectuelle de la classe prépa, la formation à l’agro m’a fortement ennuyée. J’ai ainsi décidé de suivre en parallèle de mon école un master en Biologie-Santé. Les stages en laboratoire m’ont énormément plu et m’ont décidée à poursuivre en thèse. Le choix de la génétique a été en revanche un pur hasard.

Pour ma thèse, j’ai avant tout choisi le laboratoire plutôt que la thématique de la génétique. En effet, j’ai voulu atterrir dans un laboratoire dynamique et foisonnant, ce qui caractérisait parfaitement le laboratoire de Philippe Froguel à Lille. J’ai donc décidé de quitter le sud pour le grand nord et de me lancer dans la génétique humaine.

“ Quelles sont les avancées majeures de ces dernières années en médecine de précision et quelles sont les perspectives d’avenir pour la prise en charge des patients diabétiques ? ”

La génétique est devenu un outil phare de la médecine de précision dont l’objectif vise à déterminer les facteurs étiologiques propres à chaque malade afin d’en déduire une prise en charge personnalisée et optimale. Dans le cadre du diabète, il s’agit avant tout d’éviter l’apparition de complications rénales, oculaires, cardio-vasculaires et cancéreuse qui peuvent s’avérer redoutables. Il y a aujourd’hui deux grandes approches génétiques tournées vers cette médecine moderne ; toutes deux étant basées sur de la technologie de pointe, robuste et robotisée, que nous avons pu développer depuis plus de 10 ans grâce notamment à notre Equipement d’Excellence (EquipEx) LIGAN.

La première approche est basée sur du séquençage à haut débit et vise à identifier des mutations rares et pathogènes dans des gènes impliqués dans des formes fortement héréditaires du diabète, transmises à chaque génération. Certains de ces gènes sont dits actionnables ; en d’autres termes, quand on trouve une mutation pathogène dans l’un ces gènes chez un patient diabétique, on peut complètement adapter et améliorer sa prise en charge. Par exemple, chez un patient diabétique, si l’on identifie une mutation pathogène dans le gène de la glucokinase (qui a été trouvé impliqué dans le diabète en 1992 par l’équipe de Philippe Froguel), les traitements anti-diabète tels que l’insuline ou des médicaments oraux hypoglycémiants peuvent être stopper. Mon travail est largement centré sur les effets de variants rares dans le déterminisme de maladies métaboliques comme le diabète et l’obésité, travail qui vient d’être reconnu par le prix Minkowski 2021 de la société européenne du diabète.

La deuxième approche génétique utilisée dans le contexte de la médecine de précision est un peu plus complexe. Elle consiste à utiliser des variants génétiques fréquents associés au diabète (que l’on détecte via des puces à ADN) et de multiples données cliniques (tels que le poids, la glycémie, l’insulinémie, les lipides…) afin de regrouper les patients diabétiques en sous-groupes homogènes de patients qui répondront à une prise en charge et un traitement particulier. Cette stratégie a été développée car le diabète est une maladie extrêmement hétérogène. Nous pensons que le fait d’identifier des nouveaux sous-types de diabète basés sur des traits génétiques et cliniques permettra d’améliorer la prise en charge des patients.

“ Votre équipe est donc particulièrement impliquée dans le développement de la médecine de précision. Quels sont vos projets phares au Centre National PreciDIAB ? ”

Nous travaillons main dans la main avec tous les médecins et cliniciens impliqués dans le réseau du Centre National PreciDIAB qui sont en train de construire des cohortes de patients sur lesquelles nous pourrons notamment appliquer les deux approches génétiques que je viens de mentionner. PreciDIAB a aussi un développement européen et nous travaillons avec le Professeur Nicolas Paquot qui dirige le département d’endocrinologie du CHU de Liège.

Nous analysons toute la file active de patients diabétiques visitant ce département, ce qui représente plus de 4000 patients. Nous projetons de réaliser une étude interventionnelle chez ces patients en utilisant nos approches génétiques puis d’évaluer les conséquences cliniques et économiques de ces approches, comparé à la prise en charge traditionnelle. En parallèle, nous rechercherons des nouveaux gènes impliqués dans le diabète et des maladies associées.